Das Wissen über die Auswirkungen von Gen-Pflanzen auf ökologische Systeme ist gering. Bt11 und 1507 setzen erhebliche Giftmengen frei. Deren Wirkung auf Tiere und Ökosysteme ist weitgehend ungeklärt. Wissenschaftliche Studien weisen auf erhebliche Risiken und die große Unsicherheit im Umgang mit diesen Risiken hin.

Auch die Herbizid-Resistenz kann Ökosysteme in Bedrängnis bringen: Kreuzen sich die Merkmale von herbizidresistenten Gen-Pflanzen in Wildkräuter aus oder werden gewöhnliche Unkräuter auf Gen-Feldern massiv mit nun breit einsetzbaren Unkrautvernichtungsmittel besprüht, können sich so genannten „Super-Unkräuter“ bilden. Diese sind aufgrund ihrer Resistenz gegen Spritzmittel kaum noch zu bekämpfen. Es muss immer mehr gespritzt werden